Da die Abgabe von Medikamenten durch die Apotheken in vollen Gebinden erfolgt (und nicht, wie durch den Tierarzt, auf das für die Behandlung notwendige Maß zugeschnitten ist) werden dadurch bei den Tierhaltern Restbestände an Medikamenten, insbesondere auch Antibiotika, entstehen. Die Entsorgung dieser Restbestände ist dann dem Tierhalter überlassen. Es kann sicher davon ausgegangen werden, dass durch eine nicht sachgerechte Entsorgung unnötige Mengen von Antibiotika in die Umwelt gelangen. So entsteht ein zusätzliches Risiko weiterer Resistenzen. Darüber hinaus bergen Antibiotika-Restbestände die Gefahr des Missbrauchs, z.B. bei Behandlungsversuchen ohne voherige Konsultation des Tierarztes.

So wenig ein Entzug des Dispensierrechts zur Lösung des Problems der resistenten Keime beiträgt, so sehr bedeutet dies Mehraufwände und Mehrkosten für die Tierbesitzer. Zusätzlich zur Rezeptgebühr beim Tierarzt fällt dann der Gang zur Apotheke an, der mit den üblichen Kosten verbunden ist. Im Gegensatz zur Humanmedizin steht diesen Kosten kein Nutzen gegenüber, da die Apotheker für den Einsatz von Tiermedikamenten und deren spezielle Anwendung nicht ausgebildet sind. Eher entsteht hier die Gefahr von Fehlberatungen. Um in den Apotheken eine vergleichbare Beratungsqualität zu erreichen, wie sie in der Tierarztpraxis besteht, wäre ein aufwändige und umfangreiche Nachqualifikation der Apotheker erforderlich.